بنای اولیه مسجد مربوط به قرن هشتم و نهم هجری است که در دوره های بعد، چندین بار تجدید و بازسازی شده؛ به طوری که امروزه فاقد ویژگی های معماری، هنری و تاریخی است. بنای کنونی مسجد عبارت است ازدوشبستان کوچک وبزرگ و دالانی دربین آنها که در پشت آن نیز مقبره شیخ معزالدین واقع است. مسجدها هردو دارای سقف و ستون چوبی هستند. تخته های پوشش سقف همه منقش به ترنج و گل و بوته بوده، ستون ها دارای سرستون های زیبایی هستند. مسجد کوچک به طول و عرض 8 × 22 متر دارای شش ستون چوبی، و مسجد بزرگ به طول وعرض 16×34 متر دارای سی وشش ستون چوبی است که درچهار ردیف قرار گرفته اند. مقبره شیخ معز الدین، برج گنبد داری نظیر برج غفاریه است که گنبد آن فروریخته و تزییناتش ازمیان رفته است. درمحوطه مقبره و مسجد، سنگ نبشته ها و الواح قبور متعددی وجود دارد که ازلحاظ تاریخی حائز اهمیت هستند. سنگ قبر مرمرین معزالدین نیز که درحفاری و خاکبرداری حیاط شمالی درعمق 2 متری به دست آمده است، درداخل مسجد قرار دارد. درجلوی مسجد، صفه ای است که برروی آن ، سنگ قبری به تاریخ 871 هجری وجود دارد. تعداد دیگری ازاین سنگ قبرها که برروی دیوار بیرونی و داخل مسجد نصب شده است، قدمت این بنا را تا سال 772 هجری به عقب می برد . به موجب کتیبه مرمری نصب شده بر دیوار جنوبی، این مسجد، یک بار در دوره شاه تهماسب صفوی بازسازی شده و در دوره قاجار مجددا تعمیر گردیده است . این بنا به شماره 643 به ثبت تاریخی رسیده است .