بیرجند بدلیل برخورداری از دو نوع آب و هوای کویری خشک و کوهستانی گونه های متنوعی از جانوران اعم از پرندگان، پستانداران، خزندگان و…را در خود جای داده است. در این موزه گونه هایی از حیات وحش اعم از بومی یا غیر بومی در قالب چند مجموعه ارائه شده و همچنین نمونه های شاخص و نادری از پوشش جانوری منطقه جنوب خراسان بویژه بیرجند نیز به نمایش درآمد. این مجموعه تقریبا دارای 100 جنس مختلف پرنده و حدود 40 پستاندار و خزنده به صورت تاکسیدرمی بوده که با هدف آشنایی پژوهشگران و محققین با گونه های جانوری در دو بخش اصلی ایجاد شد.