یکی دیگر از مساجد قدیمی مکه، مسجد ابوبکر هستش. گفته اند که رسول خدا(ص) همراه ابوبکر در شبی که به سمت غار ثور هجرت کرد، از آنجا حرکت خود را آغاز نمودند. این مسجد در منطقه مسفله، در نزدیکی مسجد حمزه قرار گرفته. مسجد مزبور از قرن سوم به این سو، در مصادر تاریخی یاد شده. مسجد فعلی در محل قبلی مسجد بنا شده و فاصله ی آن تا مسجدالحرام چند صد متر و مساحت آن در حدود 160 متر مربعه.