در جنوب شرقی مسجد الحرام و در فاصله نسبتاً دوری از شهر مکه، سه کوه متصل به یکدیگر وجود دارن، که در سومین کوه غاری است به نام غارثور. زمانی که مشرکان مکه قصد کشتن رسول خدا صلی الله علیه و آله و سلم رو داشتند، پیامبر علی بن ابیطالب علیه السلام را به جای خود در مکه گذاشت و خود به امر خداوند از خانه خارج شد. در بین راه ابی بکر هم به ایشان پیوست و از شهر خارج شدند. پیامبر برای مخفی نگاه داشتن مسیر، به جای حرکت به سوی شمال مکه که به یثرب می رفت، راهی جنوب مکه شد و به غار ثور که در دل کوه ثور قرار داشت پناه برد. آنان به مدت سه روز در آن غار مخفی بودند. مشرکان در پی پیامبر تا نزدیکی غار ثور آمدند، اما به اعجاز الهی، عنکبوتان تارهایی رو بر در غار تنیدند و مشرکان گمان کردند سال هاست کسی به داخل غار نرفته، و از رفتن به درون آن منصرف شدند. در قرآن از این غار یاد شده و مکانی مقدس برای مسلمانان سراسر دنیا به حساب میاد.