محل کلیسای جامع مانیل توسطی مهاجران اسپانیایی میگوئل لوپزد لگازپی انتخاب شده. خوان د ویلانووا اولین کشیش این کلیسا بود و در سال 1579 به کلیسا جامع تبدیل شد. سالگرد 50 ساله بازسازی کلیسای جامع در سال 2008 از 2 تا 10 دسامبر توسط سازمان کنفرانس اسقف های کاتولیک فیلیپین برگزار شد. امروزه این کلیسا یکی از جاذبه های مذهبی این شهر و دیدنی های آن می باشد.