مدرسه ملا عبدالله از مدارس طلبه نشین است که در قرن 11 هجری قمری و به دستور شاه عباس اول جهت تدریس مولانا عبدالله شوشتری از علمای دوره صفویه که نزد شاه عباس دارای منزلت و بزرگی بسیار بود، در اصفهان ساخته می شود که البته ساخت این بنا دارای تاریخ دقیقی نیست. اما با استفاده از کاشی کاری های معروفی که در ساختمان وجود دارد، میتوان آن را به زمان شاه عباس اول نسبت داد. مدرسه در زمان مولانا عبدالله رونق خاصی داشت، چرا که خود ایشان نیز در این مدرسه تدریس میکرد. مدیر کنونی این مدرسه هم حجت الاسلام محسن فقهی هست.
فضای اصلی مدرسه گرداگرد صحنی به شکل مربع مستطیل است که زوایای آن به خاطر وجود ایوان های کوچک کمی پخ و گرد شده و ابعاد اصلی آن 26 × 5/28 متر و اضلاع فرعی آن 80/ 3 متر هست. مدرسه به شیوه دو ایوانی بنا شده که شاید دلیل پرهیز معمار از سبک 4 ایوانی به جز ذوق و سلیقه شخصی می تواند از جهت ساخت حجره با تعداد بیشتر باشد. به ایوان جنوب غربی آن به خاطر قرار گرفتن جهت قبله و تعبیه محراب توجه بیشتری صورت پذیرفت. پیرامون حیاط مرکزی هم 2 طبقه ساختمان وجود دارد که محل حجره های طلبه ها است.
طبقه همکف مدرسه دارای 27 حجره بوده و بر دیوار ضلع ایوان جنوبی مدرسه لوحه ای از سنگ پارسی با مضمون وقف نامه وجود دارد که ابعاد آن 35/1 در 20/1 متر بوده و تاریخ 1088 هجری قمری یعنی زمان سلطنت شاه سلیمان بر روی آن حک گردید. کتیبه این لوح به خط نستعلیق برجسته هست. ارتفاع دو ایوان اصلی برابر با ارتفاع ساختمان های کناری آن بوده و از این جهت در امر نماسازی تاکید خاصی روی آنها صورت نگرفت.