مسجد جامع نائین با الگوبرداری از مسجد پیامبر در مدینه ساخته شده است. این مسجد دارای یک معماری فوق العاده مهندسی شده بوده و مناری 28 متری دارد. حیاط بزرگی در میان داشته و پیرامون آن را شبستان های دارای ستون گرفته اند. دهانه میانی رو به قبله و دهانه روبروی آن که ورودی مسجد بوده، پهن تر و گشادتر از دها

نسب این امامزاده جلیل القدر بنا به گفته و اعتقاد بزرگان و معتمدین شهر و کتب تاریخی نایین به امام موسی بن جعفر (علیه السلام) می رسه. مؤلف تاریخ نائین به نقل از سالک این امامزاده رو صاحب کرامت ذکر کرده و او را سیدی بزرگوار نامیده .

مسجد بسیار قدیمی که در کنار حمام امام رضا «ع» در محله چهل دختران نایین قرار دارد و مربوط به دوره صفویه می باشد.

این مسجد در اواسط بازار تاریخی شهر و در محدوده جغرافیایی محله تاریخی چهل دختران نایین واقع شده است. میگویند روزگاری بسیار بزرگ و دارای رواق و ایوان و گنبد و صحن بوده ، که به تدریج از بین رفته است.قبر بانی آن که از عرفا  و زهاد نایین بوده در  گنبد خانه  مسجد واقع است.بر سر درب آن این بیت شعر نوشته شد