نسب این امامزاده جلیل القدر بنا به گفته و اعتقاد بزرگان و معتمدین شهر و کتب تاریخی نایین به امام موسی بن جعفر (علیه السلام) می رسه. مؤلف تاریخ نائین به نقل از سالک این امامزاده رو صاحب کرامت ذکر کرده و او را سیدی بزرگوار نامیده .

مسجد بسیار قدیمی که در کنار حمام امام رضا «ع» در محله چهل دختران نایین قرار دارد و مربوط به دوره صفویه می باشد.

این مسجد در اواسط بازار تاریخی شهر و در محدوده جغرافیایی محله تاریخی چهل دختران نایین واقع شده است. میگویند روزگاری بسیار بزرگ و دارای رواق و ایوان و گنبد و صحن بوده ، که به تدریج از بین رفته است.قبر بانی آن که از عرفا  و زهاد نایین بوده در  گنبد خانه  مسجد واقع است.بر سر درب آن این بیت شعر نوشته شد

مسجد جامع نایین با الگوبرداری از مسجد پیامبر در مدینه ساخته شده . حیاط بزرگی وسطش داره و اطرافش رو شبستان های ستون دار گرفته . دهانه میانی روبه قبله و دهانه روبروی آن که ورودی مسجده پهن تر و گشادتر از دهانه های دیگرشه. مسجد نائین به شیوه خراسانی ساخته شده ، در زمان آل بویه و آل کاکویه بخش هایی به آن