موزه آب در یکی از ارزشمندترین آثار معماری سنتی یزد یعنی خانه کلاهدوزها قرار گرفت. این موزه در سال 1379 و همزمان با اولین همایش بین المللی کاریز کار خودش را آغاز کرد و هدف آن نشان دادن ارزش و اهمیت آب در منطقه ای کویری است. در پشت بام این خانه چاه خانه ای قرار دارد که به وسیله چرخ چاه از آن آب می کشی

عمارت قصر آیینه در شهر یزد، خیابان آیت الله کاشانی، روبروی پارک هفت تیر واقع شده است. این بنا در سال 1320 جهت استفاده به عنوان مهمانسرای خصوصی توسط صراف زاده ساخته شد و پس از انقلاب با فتوای محمد صدوقی مصادره و به بنیاد مستضعفان تحویل گشت. سپس در سال 1377 تبدیل به موزه گردید. هر از چند گاهی هم آثار

موزه علوم طبیعی یزد با همکاری آموزش و پرورش و فرهنگیان یزد ایجاد گشت. این موزه شامل نمونه های مرتبط با حوزه های علوم طبیعی مانند شیمی، فیزیک و زیست گیاهی و جانوری بوده و دارای قسمت های گیاه شناسی، زمین شناسی، جانورشناسی و آناتومی انسان و جانوران هست. بخش جانورشناسی 150 نمونه و بخش گیاه شناسی 250 نمو