مدرسه میرزا جعفر یک مدرسه علوم دینی در شهر مشهد، در ضلع شمالی صحن انقلاب حرم امام رضا (ع) بوده و از بناهای باارزش دوره صفویه به شمار می آید که به سال 1059 قمری و به همت شخصی به نام میرزا جعفر سروقدی ساخته شد. در سال 1285 قمری هم به دستور ظهیرالدوله، والی خراسان مرمت شده و با کاشی های معرق و سبک معما

براساس آخرین خبرهای بدست رسیده، مدرسه میرزا جعفر یکی از مدرسه های تاریخی مشهد به شمار می رود.