مسجد صلیب عقدا دو طبقه بوده و از طبقه بالایی آن جهت اقامه نماز استفاده می شده و طبقه زیرین آن برای عبور آب جوی قنات استفاده می شده و چندین پنجره در جهت های مختلف داره، در گذشته برای شستشو لباس و وسایل استفاده می شده. ساختمان این مسجد، توسط معماری مسیحی ساخته شده که در طرح آن شکل صلیب در نظر گرفته شد