غار آقا سید عیسی مهمترین غار در بیدگل واقع است و از طریق فارسان هم قابل دسترسی هست. این غار مسیر باریک و درازی داشته و در میان آن دریاچه زیبایی وجود دارد. در نزدیکی این غار، چشمه ای از داخل زمین می جوشد. غار آقا سید عیسی نیز مانند پیر غار دارای اهمیت مذهبی بوده و مورد احترام اهالی منطقه است. این غار