امامزاده سید جعفر (ع) در نزدیکی دروازه قرآن و ورودی شهر یزد قرار دارد. براساس شجرنامه ای که در دست بوده، این بزرگوار از سادات جلیل القدری در قرن پنجم و نوه امامزاده ابوجعفر محمد هست. از قدیم، اکثر مسافران در هنگام ورود و خروج از شهر در روزهای تعطیل و ایام مذهبی جهت دعا و نیایش و گذران تعطیلات به زیا

بر روی سنگ قبر مرقد نوشته شده: «مرحوم مغفور جنت مکان خلدآشتیان آقای سیدهاشم خلف مرحوم سیدعلی که از سلسله جلیله سادات صحیح النسب مهدوی خانوکی و تیکدری از توابع کرمان بوده، در حدود سال 1275 شمسی پس از رسیدن به درجه اجتهاد از نجف اشرف به کرمان مراجعت می فرمودند که در شریف آباد اردکان لبیک حق را اجابت و