امامزاده سیدجعفر(ع)، در نزدیکی دروازه قرآن و ورودی شهر یزد قرار داره. بر اساس شجرنامه ای که در دسته، این بزرگوار از سادات جلیل القدری در قرن پنجم و نوه امامزاده ابو جعفر محمد (م – 424 ق )است. از قدیم اکثر مسافران در هنگام ورود و خروج از شهر در روزهای تعطیل و ایام مذهبی جهت دعا و نیایش و گذران تعطی